سیاهی قلب انار هیچ نشانه بیرونی ندارد بلکه میوه کاملا سالم و طبیعی به نظر می‌رسد تا این که آن را باز می‌کنید و می‌بینید میوه از داخل سیاه شده است. آزمایشهای زیادی صورت گرفته است تا عامل سیاهی قلب انار مشخص شود به این امید که راهی برای کنترل آن پیدا شود. در نهایت پس از مطالعات فراوان قارچ آلترناریا ( Alternaria ) به عنوان منشا اصلی بیماری پوسیدگی داخل میوه ایزوله شد (Tziros et al 2007). این قارچ وارد شکوفه انار شده و سپس هنگام تبدیل شکوفه به میوه در قلب آن باقی می‌ماند. برخی محققان پیشنهاد می‌کنند شکوفه انار آلوده به هاگهای قارچ آلترناریا آلوده میشود سپس این هاگهای بیماری‌زا وارد میوه آسیب دیده که در اثر اصابت شاخه‌ها سوراخ شده یا به دلیلی ترک خورده‌اند می‌شوند و میوه را بیمار می‌کنند. همچنین به نظر می‌رسد این بیماری قارچی در شرایطی که بارندگی در فصل گلدهی درخت زیاد باشد بیشتر میوه‌ها را تحت تاثیر قرار می‌دهد. فرایند آلودگی میوه انار به این قارچ بیماری‌زا هنوز به طور کامل مشخص نشده است و نوع قارچ آلترناریا که منجر به این بیماری قارچی میشود هنوز تحت شرایط ایزوله قرار دارد.
هنوز هیچ راهی برای مبارزه با بیماری سیاهی قلب انار وجود ندارد. برداشتن میوه‌های قدیمی از روی درخت در حین هرس می‌تواند به حذف منشا احتمالی این قارچ کمک کند. زمان ونوع ایجاد بیماری قارچی آسپرژیلوس نیز مشابه آلترناریا می‌باشد.
