نگهداری گوجه فرنگی در سردخانه، بستگی به مرحله رسیده شدن آن دارد که مراحل آن از حالت سبز بالغ تا قرمز کاملا رسیده است. هنگام نگهداری گوجه سبز بالغ دما نگهداری بالاتروهنگام نگهداری گوجه قرمز رسیده دما پایین‌تر میباشد. بهینه دمای نگهداری برای گوجه سبز بالغ ۱۲ الی ۱۵ درجه با عمر نگهداری ۱۴ روز، و هرچه به سمت قرمز شدن و رسیده شدن میرویم مدت زمان نگهداری کمتر و دمای نگهداری هم کمتر می شود. بطور مثال برای گوجه قرمز رسیده دمای ۷ الی ۱۰ درجه برای کمتر از یک هفته پیشنهاد می گردد. رطوبت مناسب جهت نگهداری در سردخانه ۹۰ درصد می باشد
گوجه فرنگی در دمای ۱۰ درجه سانتی گراد در حدود ۲/۱ الی۵/۱ میکرولیتر بر کیلوگرم ساعت اتیلن تولید مینماید. تولید اتیلن و میزان حساسیت خود گوجه فرنگی به اتیلن در حد متوسط میباشد. باید سعی شود محصولات حساس ماندن خیار و کاهو همزمان با گوجه در یک سالن مشترک نگهداری نشود
آسیب سرمایی گوجه فرنگی:
نگهداری برای مدت ۲ هفته در دمای کمتر از ۱۰ درجه سانتی گراد و یا نگهداری برای مدت ۱ هفته در دمای کمتر از ۵ درجه سانتی گراد موجب ایجاد آسیب سرمایی میگردد که نشانه‌های آن نارس ماندن (از لحاظ رنگ و طعم)، قهوه ای شدن پوسته و هسته‌های داخل، نرم شدگی و مستعد شدن به حمله قارچی و خروج الکترولیت‌ها از بافت میباشد (Palash Biswas et al.,2016).آسیب سرمایی با آسیب انجمادی تفاوت دارد و آسیب انجمادی در دمای یک درجه زیر صفر اتفاق میافتد و داخل میوه حالت ژلی و آبگز میگردد.
سبز ماندن هسته گوجه فرنگی:
این عارضه در اثر تغذیه نامناسب گیاه و یا استفاده بیش از حد از کودهای شیمیایی و حیوانی است. در این شرایط پوست میوه رنگ قرمز دارد ولی داخل گوجه سبز رنگ میماند.
